Отец Ионатана Нетаньяху был сподвижником Зеева Жаботинского, его младший брат Биньямин Нетаньяху - премьер-министр Израиля в 1996-99гг. и с 2009г. После окончания средней школы в США Ионатан вернулся в Израиль, был призван в армию, служил в парашютно-десантных войсках. Участвовал в Шестидневной войне, был ранен.

     В 1968-71гг. Нетаньяху учился в Гарвардском университете и Еврейском университете в Иерусалиме. В 1972г. вернулся в армию, служил офицером в подразделении особого назначения при Генеральном штабе ЦАХАЛ (Армии обороны Израиля). Участвовал в действиях израильских коммандос, в том числе в операции "Весна молодости" (апрель 1973г.) в Бейруте, в ходе которой был уничтожен ряд лидеров палестинских террористов.

      Во время Войны Судного дня Нетаньяху командовал отрядом особого назначения на Северном фронте. В апреле 1974г. - мае 1975г. был командиром танкового батальона. В мае 1975г. был назначен командиром подразделения особого назначения при Генеральном штабе.

    Убит угандийским солдатом  во время операции "Энтеббе" - освобождения заложников, захваченных палестинскими террористами. В 1980г. была опубликована книга Нетаньяху "Письма Йони".

Вне Нью-Йорка

В Филадельфии на Пятой стрит был в 1986г. открыт Мемориал И. Нетаньяху, созданный скульптором Бьюки Шворц. В его честь назван Международный институт по проблемам террора "Институт Йонатан", Израиль.