Родители Эрика были евреями - выходцами из Западной Украины, владевшими магазином игрушек в Вене. Сразу после гитлеровского аншлюса Австрии им удалось отправить Эрика и его брата через Бельгию к дяде в Бруклин (позже они и сами смогли добраться в США).
     Поселившись в Бруклине, Кэндел поступил во Флатбушскую ешиву, в 1944г. окончил бруклинскую школу Эразмас-Холл. Проявив интерес к общественным наукам, он получил степень бакалавра истории в Гарварде, защитив диссертацию "Отношение немецких писателей к национал-социализму". Учась в Гарварде, он заинтересовался также фрейдизмом, проблемами обучения и памяти.
   Во время обучения в Медицинской школе Нью-йоркского университета (1952-55) Кэндел приступил к исследованиям биологических основ интеллекта и памяти. Сначала он начал изучать механизмы формирования памяти у млекопитающих, однако для понимания основных процессов памяти их нервная система оказалась очень сложной. Используя в качестве модели нервную систему морского слизняка, он выяснил, что изменения в деятельности синапса являются основными в механизме памяти.

      Доказав, что у слизняка как краткосрочная, так и долгосрочная память “локализуется” в синапсе, он в 90-е годы провёл подобные исследования на мышах. Учёному удалось доказать, что такой же тип формирования памяти, который был обнаружен во время изучения слизняка, существует и у млекопитающих и человека. Память не локализуется в самом синапсе, а определяется проводимостью этого синапса.
    Хотя путь к пониманию всего сложного комплекса процесса памяти еще долгий, результаты исследований Эрика Кэндела стали основой для дальнейшего научного поиска. С тех пор, как стали понятными основные аспекты функционирования клеточных и молекулярных механизмов памяти, появилась возможность разработки новых типов лекарственных препаратов, предназначенных для улучшения функции памяти.
     В 2000г. Кэнделу, а также шведскому фармакологу А. Карлссону и американскому нейробиологу П. Грингарду была присуждена Нобелевская премия по физиологии и медицине "за открытия, касающиеся передачи сигналов в нервной системе". Он обладатель и других научных наград, в т.ч. премии Вольфа по медицине (1999).