Марк вырос в Тинеке, Нью-Джерси. В пятнадцать лет он начал работать - продавцом в авангардном нью-йоркском бутике Charivari. Образование он получил в престижной школе Parsons The New School for Design на Седьмой авеню. В 1986г. вышла его первая большая коллекция, а уже через три года Марк вместе со своим партнером Робертом Даффи перешел работать в крупную компанию Perry Ellis, где занимался созданием женской одежды. В 1987г. Марк стал самым молодым дизайнером, получившим премию "Новый талант в мире моды".
     В 1993г. Джейкобс впервые продемонстрировал на подиуме стиль гранж. Его отличительными чертами стали огромные рубахи из фланели, вытянутые свитера, массивные армейские ботинки в сочетании с тонкими платьями в цветочек, стилизованными под старьё. Коллекция произвела настоящий фурор, но коммерческого успеха не имела.
    В следующем году, начав работать под собственным именем, Джейкобс выпустил коллекцию "Падающие звёзды", которая сразу привлекла внимание публики. Она представляла собой блестящие золотые юбки, брюки в сочетании с красными и ярко-зелёными топами из кожи, футболки с рукавами из овчины и твидовые жакеты с капюшонами - "простые вещи, выполненные из роскошных тканей".
    С 1997г. Джейкобс начал сотрудничество со знаменитым французским Домом Louis Vuitton, который уже прославился по всему миру своими кожаными аксессуарами. С приходом Джейкобса одежда Дома стала задавать тон на мировых подиумах.
     Поначалу его сдержанные белые блузки, длинные юбки и брюки без карманов и застёжек не были удостоены особого внимания. Дизайнер украшал логотипами не только аксессуары, но и ткани, его идеи были быстро подхвачены, и началась новая тенденция, обусловленная стремлением отметить все логотипом. Такого бума в мире моды не наблюдалось с 80-х годов. В следующем десятилетии наиболее популярными стали его линии Marc by Marc Jacobs (молодёжная) и Little Marc (детская).
    Марк стремится привлекать в качестве моделей для рекламы нестандартные лица, уходя от стереотипа моделей. Несколько раз он сам становился лицом разных марок, причем в обнаженном виде. В первый раз Джейкобс публично обнажился для рекламы сумок Louis Vuitton, а во второй раз - ради продвижения своего нового аромата для мужчин Bang. В 2009г. Марк, открытый гей, выпустил серию футболок в поддержку однополых браков.
    Помимо дюжины профессиональных наград, американских и международных, Джейкобс в 2010г. получил французский Орден искусств и литературы.