Окончив среднюю школу в Фремонте, Калифорния, Файер поступил в Калифорнийский университет в Беркли, где в 19-летнем возрасте получил степень бакалавра математики (1978). Докторскую степень по биологии он получил в Массачусетском технологическом институте (1983). Затем работал в лаборатории молекулярной биологии в Кембидже, Великобритания.

     С 1986 по 2003 годы Файер работал в отделении эмбриологии Института Карнеги в Балтиморе, Мэриленд. С 1989г. - профессор Университета Джонса Хопкинса. С 2003г. - профессор патологии и генетики в Медицинской школе Стэнфордского университета. Член Национальной академии наук США (с 2004) и Американской академии искусств и наук.
     В 2006г. Файер получил Нобелевскую премию по физиологии и медицине вместе с Крейгом Мелло за "открытие РНК-интерференции - эффекта гашения активности определённых генов". Статья Файера и Мелло с описанием этого открытия была опубликована в журнале "Nature" в 1998г. Ожидается, что эта работа учёных поможет создать эффективное лекарство от СПИДа. За это же открытие в марте 2006 в церкви св. Пауля Франкфурта-на-Майне Крейгу и Мелло вручили премию им. Пауля Эрлиха и Людвига Дармштедтера.