Отец Елены Боннэр, ответственный работник Коминтерна, был расстрелян в 1938 году, мать отбыла 8-летний лагерный срок как член семьи изменника Родины. В 1941-м Елена Боннэр окончила курсы медсестёр и добровольцем ушла на фронт. Позже получила звание лейтенанта медицинской службы, была несколько раз ранена, инвалид войны II группы (существенная потеря зрения как результат контузии).

     В 1953г. Боннэр окончила Ленинградский мединститут, работала врачом. Отличник здравоохранения СССР. В 1965-1972гг. состояла в КПСС, затем вышла из партии добровольно, считая пребывание в её рядах несовместимым со своими убеждениями.

    В 1970г. Елена Боннэр познакомилась и спустя два года вышла замуж за выдающегося советского учёного и диссидента, академика Андрея Дмитриевича Сахарова (1921-1989). Вместе с ним активно занималась правозащитной деятельностью, неоднократно подвергалась обыскам и задержаниям, а также шантажу со стороны советских властей. После ссылки мужа в Горький (ныне Нижний Новгород) в 1980г. последовала за ним, в 1984-м была также приговорена к ссылке в Горьком. Вернулась вместе с Сахаровым в Москву в декабре 1986г.

   Елена Георгиевна была одним из основателей общества "Мемориал", много лет была председателем неправительственной международной организации "Фонд Сахарова". Резко осудила нападение России на Грузию в 2008г. Последние годы жила в Бостоне, США.